Posle smrti vojvode Živojina Mišića, imenovan je 1921. godine za načelnika Glavnog generalštaba vojske Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca, ali je na tom položaju ostao manje od godinu dana.
Pošto je odbio da bude ministar, rekavši da je prevashodno vojnik, u penziju je otišao 21. decembra 1921. godine.
Zabeleženo je da je kralj Aleksandar, sve dok nije ubijen 1934. godine, primetno zanemarivao vojvodu Bojovića, čak i u pitanjima protokola.
Po penzionisanju je pisao memoare. Imao je penziju u rangu ministra, a od novčanih nagrada za ratne zasluge kupio je od prethodnih vlasnika kuću u beogradskom Vračaru, u Trnskoj ulici.
U penziji je proveo 20 godina, mirno i povučeno dočekavši početak Drugog svetskog rata.
Posle vojnog puča 27. marta 1941. godine, vojvoda Petar Bojović je u svojoj 83. godini, 3. aprila 1941. godine ponovo aktiviran i imenovan za vrhovnog inspektora celokupne vojne sile Jugoslavije, a zatim i za pomoćnika vrhovnog komandanta Kraljevske jugoslovenske vojske, kralja Petra II.
Kralj i vlada su mu 15. aprila ponudili da ode avionom iz Srbije, ali je on to odbio i Nemci su ga ubrzo zarobili.
Nemci su pokušali da zloupotrebe ugled vojvode Bojovića u narodu.
Tako mu je u kućnu posetu došao Franc Nojhauzen, generalni opunomoćenik nemačkog Rajha za privredu Srbije.
Nojhauzen mu je rekao da zna šta on znači za srpski narod i da ga zbog toga poziva na saradnju sa organima i snagama Rajha u Srbiji u interesu srpskog naroda i Rajha.
Vojvoda je nemačkom izaslaniku odgovorio:
“Gospodine, vi znate da sam ja po profesiji vojnik, da cenim svaku vojsku, pa i vašu vojsku. Vaša vojska u ovom trenutku je okupator moje zemlje i ja ni u kakvom obliku, sve dok okupacija traje, sa tom vojskom ne mogu sarađivati. Molim vas da mi učinite uslugu i obezbedite da dok okupacija traje prag moje kuće ne pređe nemački vojnik, a ja se obavezujem da za to vreme neću iz kuće izaći”.
Nemac je prihvatio tu želju i dogovor je poštovan do kraja rata.
Nacistička vojska je ispred kuće Vojvode Bojovića postavila stražu i on je tretiran kao ratni zarobljenik, a armijski general Dušan Simović preuzima u egzilu Bojovićev položaj pomoćnika vrhovnog komandanta.
Poslednja fotografija
Bojović je 10. decembra 1942. godine uputio pismo armijskom generalu Dragoljubu Draži Mihailoviću u kojem je naveo da podržava Jugoslovensku vojsku u otadžbini:
“Saznanjem da ste Vi, dragi Srbine i đeneralu, razvili oslobodilačku zastavu, sa onoga mesta odakle je moj ratni drug Živojin Mišić započeo, pre dvadeset i osam godina, i proterao neprijatelja iz naše otadžbine, izazvalo je u meni veliku radost i do maksimuma pojačalo želju za ličnim učešćem u današnjoj borbi.
U odsustvu fizičke snage da uzmem neposrednog učešća u ostvarenju ovog velikog dela nacije, ja sam Vam, dragi i veliki sine srpskog roda, stavio na raspolaganje moje ime i moju decu uz očinski pozdrav i vojničku zapovest: ‘Napred u pobedu, za kralja i otadžbinu“.
Poslednja fotografija
Nemci nisu dirali vojvodu Bojovića tokom rata, a zabeleženo je da je po svojoj bašti šetao obučen u svečanu vojvodsku uniformu.
