Ipak je vlastoljubivi papa tražio da mu se sveti Marko dovede na sud, zbog tobožnje nepokornosti njemu, koji je svoj presto uzdigao više oblaka.
Po naređenju carevom, sveti Marko izađe pred papu, kao ono nekada Veliki Vasilije pred onog gordog eparha Modesta, i na optužbe i na pretnje papine da je jeretik i da će biti osuđen jer se ne potčinjava odluci koju svi potpisaše, on odgovori:
“Nisam ja bez razloga čvrst u svome mišljenju, niti nađoh da ne valjaju neke od mojih reči, koje s Božjom pomoću izgovorih ranije u Ferari i sada ovde u Florentiji. To takođe nije našao niko od vas, niti iko drugi. Ja ni po čemu nisam sličan ranijim jereticima, nego baš sasvim suprotno.
Jer svaki od tih jeretika uvek je uvodio nešto novo i strano i tuđe Crkvi Hristovoj, i to su Oci u svoje vreme izobličili kao lažno, i zatim odbacili i prokleli. I uopšte Crkva Božja svuda i svagda odseca i odbacuje novačenja i prebiva u drevnim predanjima i stvarima, to jest u apostolskim i svetootačkim dogmatima, što se i ja po moćima svojim staram da činim, blagodaću Hrista moga, makar me snašlo i hiljade smrti…
A što veliš da ćeš da me osudiš, znaj da su Sabori Crkve osuđivali kao buntovnike samo one koji su narušavali neki dogmat i propovedali svoju jeres. Zato je Crkva najpre osuđivala tu njihovu jeres pa onda i vođu te jeresi i njene pobornike.
No ja uopšte nisam propovedao svoje učenje, nego sam se samo držao onog učenja koje je Crkva u nepovređenom obliku primila od Spasitelja našeg i u njemu neodstupno prebivala do današnjeg dana, a koje je učenje i rimska crkva držala do vremena otcepljenja.
Treba pre svega, ako smete, da osudite ono učenje (o Duhu Svetom) kojega se ja držim, pa onda mene da sudite. A ako to učenje vi priznajete za pobožno i pravoslavno, zašto sam onda ja dostojan kazne?”
Tako se sveti Marka izbavi od papskih kandži, i 26. avgusta 1439. vrati se natrag u Carigrad.
